民办非企业单位与事业单位的根本区别有两点：一是从举办主体的范围来看，民办非企业单位具有明显的民间性，而事业单位主要是国家机关和其他组织举办的；二是从资金来源上看，民办非企业单位是“利用非国有资产”举办的，而事业单位则是利用国有资产举办的。也就是说，它们的性质一个是“民办”，一个是“官办”。

民办非企业单位与企业的根本区别，就在于非营利性和营利性上。营利，是一切企业的出发点和落脚点；民办非企业单位的非营利性，不仅表现在它的章程规定的宗旨和目的上，更重要的还在于财务管理和财产分配体制上；企业的盈利可以在成员中分红，清算后的财产可以在成员中分配；而民办非企业单位开展经营活动的收入及盈余和清算后的剩余财产只能再用于社会公益事业，不得在成员中分配。这就是“营利”和“非营利”的本质所在。

民办非企业单位与社会团体的根本区别有四点，一是社会团体可以举办民办非企业单位，而民办非企业单位不能举办社会团体；二是社会团体可以设立分支机构，而民办非企业单位则不得设立分支机构；三是社会团体是由公民自愿组成的会员制组织，其组织结构具有松散性，活动具有不定期性，与社会团体相比，民办非企业单位是面向社会开展服务的组织，其活动特点是连续的、经常的，其组织结构具有实体性；四是社会团体必须具有法人资格，能独立承担民事责任，而民办非企业单位则有一类具有法人资格，其余两类不具有法人资格。